В новата инкарнация на известната поредица действието се развива в повлиян от персийската култура свят, който се е превърнал в поле на битка между Бога на Светлината Омазд и неговия брат Бога на Тъмнината Ахриман. Принца на Персия става свидетел на унищожението на Дървото на Живот и без него светът скоро ще потъне в тъмнина. Заедно със своята смъртоносна спътничка Елика Принца трябва да излекува света от злото, което постепенно се разпростира по целия свят.